工资扣除公积金但公司未缴纳是否产生滞纳金，需看具体情况。公司未缴纳公积金本身不会直接产生针对员工的滞纳金，但公司可能面临行政处罚。若公司仅当月从工资扣了公积金却未缴纳，且在公积金管理中心责令的期限内补缴，通常不会有滞纳金。若公司经责令后仍逾期不缴，可能会被申请法院强制执行，执行过程中可能产生相应的执行费用等类似滞纳性质的支出。
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工资扣除公积金但公司未缴纳的处理，可能受以下特殊情况影响：
1、公司因不可抗力（如自然灾害、重大疫情等）无法按时缴纳，且已向公积金管理中心申请并获批缓缴，缓缴期间未缴纳不会产生滞纳金，待不可抗力消除后补缴即可。
2、部分地区对公司首次非主观故意未缴纳且在一定期限内主动补缴的，可能有免于处罚或减轻相关费用的政策，处理结果与无特殊政策地区不同。
3、若员工与公司签订书面短期延期缴纳公积金协议且经公积金管理中心备案，在协议约定的延期期限内未缴纳不会产生滞纳金，按协议约定时间补缴即可。
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工资扣除公积金但公司未缴纳，可能给你带来以下法律风险：
1、公积金账户余额不足影响贷款申请。若公司长期未缴纳，你的公积金账户余额会低于正常水平，申请住房公积金贷款时，可能因账户余额不足或缴纳期限不够而无法获批，影响购房计划。
2、公司以“经营困难”为由长期拖延补缴。有些公司会以此为由承诺补缴却一直拖延，若你未及时通过法律途径维权，公积金可能长期无法到账，你将无法正常享受公积金权益。
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工资扣除公积金但公司未缴纳的行为，可依据《住房公积金管理条例》判断公司责任。根据《住房公积金管理条例》第三十八条：“违反本条例的规定，单位逾期不缴或者少缴住房公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。”在此问题中，公司从工资中扣除公积金却未缴纳，属于“逾期不缴”。公积金管理中心会先责令公司限期缴存，若公司逾期仍不缴存，管理中心可申请法院强制执行，此时公司除补缴公积金外，可能还需承担强制执行过程中的相关费用，这些费用类似逾期未缴产生的滞纳支出，因此公司在经责令后仍不缴存的情况下，会产生类似滞纳金的后果。

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