工厂发工资时，计算可能受特殊情况影响，具体如下：
1、多处收入来源：员工除工厂工资外有兼职或劳务报酬，个税需合并计入综合所得，导致应纳税额变化，工厂代扣个税可能与实际不符，员工需年度汇算补退。
2、税收优惠未及时申报：如员工符合子女教育等专项附加扣除条件，未向工厂提供信息，工厂无法代扣，导致预缴个税偏高，员工需汇算时补填信息申请退税。
3、工厂缓缴五险一金：发工资时可能暂不代扣或仅代扣部分五险一金个人缴纳部分，但后期需补缴，员工社保权益不丧失，但社保连续性（如购房、落户）可能受影响。
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工厂发工资时，需注意以下法律风险：
1、加班费计算错误：工厂仅以基本工资为加班费基数，未包含岗位工资、绩效工资等，导致加班费少算。根据规定，加班费基数应为正常工作时间工资收入，若仅按基本工资算，员工每月可能少得数百至数千元。
2、五险一金缴纳不足：工厂未按员工实际工资收入缴纳五险一金，而是以最低工资或较低基数缴纳，导致社保账户金额减少，影响养老金、医疗报销等待遇。例如，员工月工资8000元，工厂按5000元基数缴纳，各项待遇将降低。
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工厂发工资的计算方式涉及应发工资构成、法定扣除项（五险一金、个税）及实发工资确定，具体规则如下：
标准工时制员工：工资由基本工资、岗位工资、绩效工资等固定部分，加加班费、全勤奖等浮动部分构成。工作日加班工资为小时工资
1.5倍，休息日加班工资2倍（未补休时），法定节假日加班工资3倍。
缺勤员工：按日扣除工资，公式为：缺勤扣款=月基本工资÷当月应出勤天数×缺勤天数（以公司合法规章制度为准）。
计件工资制员工：工资=实际合格产品数量×计件单价，若当月工作时间超法定标准工时，超部分按上述加班工资标准支付。
试用期员工：工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或劳动合同约定工资的80%，且不低于用人单位所在地最低工资标准。

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